办公室:负责文字综合、档案管理、固定资产、住房公积金管理、负责会务、车辆、安全四防及重点工作督办等工作。
人事监察科:负责全所人事管理、劳动工资、机构编制、医疗保险、离退休人员管理。负责劳动纪律及违纪监察工作。
财务科:负责全所财务预算、决算、收支审核及财务监督检查。负责资金筹措和使用,国有资产核资、收费立项管理。
执法监督科:负责定制全省动物卫生执法监督规划、任务、制度并组织实施。违法案件查处、复核、督办。负责组织全省动物防疫条件、兽医实验室、诊疗机构的监督检查。
证章管理科:负责全省动物检疫证章标志的订购、发放与监管。负责相关计划、制度的建立和业务指导。负责全省证章标志业务统计及追溯工作。
检疫监督科:负责全省动物产地检疫、屠宰检疫和动物产品贮藏后检疫监管。负责跨省调运乳用、种用动物及胚胎、精液、种蛋的建议审批。负责畜产品安全及无害化查理监管。
流通监督科:负责出省境动物及动物产品企业报批备案及监管。全省动物卫生监督检查站管理,负责直属所和流通环节动物卫生监督管理。负责省无害化处理中心的维护。
公共卫生科:负责组织全省动物卫生监督机构官方兽医的培训、考核、发证及管理工作。负责组织全省动物卫生监督宣传工作。配合做好全省执业兽医人员管理。
信息管理科:负责全省动物卫生监督信息的汇总、报送。负责省动物卫生监督网和动物疫病可追溯体系信息网络化管理。
铁路动物卫生监督所:负责全省铁路运输动物及动物产品的检疫监督管理。参加全省动物卫生监督、检疫监管工作。